ATCC菌種保藏的重要意義就在于盡可能保持其原有性狀和活力的穩定，確保菌種不死亡、不變異、不被污染，以達到便于研究、交換和使用等諸方面的需要。ATCC菌種保藏的方法有哪些呢?
傳代保存法
有些微生物當遇到冷凍或干燥等處理時，會很快死亡，因此在這種情況下，只能求助于傳代培養保存法。傳代培養就是要定期地進行菌種轉接、培養后再保存，它是zui基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生產ATCC菌種的保存。
傳代保存時，培養基的濃度不宜過高，營養成分不宜過于豐富，尤其是碳水化合物的濃度應在可能的范圍內盡量降低。培養溫度通常以稍低于zui適生長溫度為好。若為產酸ATCC菌種，則應在培養基中添加少量碳酸鈣。
一般地，大多數菌種的保藏溫度以5℃為好，像厭氧菌、霍亂弧菌及部分病原真菌等微生物ATCC菌種則可以使用37℃進行保存，而蕈類等大型食用菌的菌種則可以室溫直接保存。
傳代培養保存法雖然簡便，但其缺點也很明顯，如：①ATCC菌種管棉塞經常容易發霉;②菌株的遺傳性狀容易發生變異;③反復傳代時，菌株的病原性、形成生理活性物質的能力以及形成孢子的能力等均有降低;④需要定期轉種，工作量大;⑤雜菌的污染機會較多。
液體石蠟覆蓋保存法
該法較前一種方法保存ATCC菌種的時間更長，適用于霉菌、酵母菌、放線菌及需氧細菌等的保存。此法可防止干燥，并通過限制氧的供給而達到削弱微生物代謝作用的目的。其具有方法簡便的優點，同時也適用于不宜冷凍干燥的微生物(如產孢能力低的絲狀菌)的保存，而某些細菌如固氮菌、乳酸桿菌、明串珠菌、分枝桿菌、紅螺菌及沙門氏菌等和一些真菌如卷霉菌、小克銀漢霉、毛霉、根霉等不宜采用此法進行ATCC菌種保藏。
